2004년 FC 서울에 입단해 2023년 축구화를 벗는 그 순간까지 고요한은 늘 서울의 검은색과 붉은색이 섞인 유니폼만을 착용했다. 지난 25년간 프로 생활을 경험했던 고요한은 서울 소속으로 K리그 통산 366경기 출전 34골 30도움 기록했다. 서울은 고요한의 업적을 인정해 고요한이 2013시즌부터 달고 뛰었던 등번호인 13번을 구단 최초 영구 결번으로 지정한다고 발표했다. 이에 2024시즌 공식 홈 개막전 경기에서 은퇴식을 거행하며 선수로서 팬과의 마지막 인사를 건넬 예정이라고 밝혔다.
