이 시장의 논문 표절 의혹은 2013년 9월 미디어워치(대표 변희재) 산하 연구진실성검증센터가 "논문의 50∼98%가 표절로 의심된다"고 제기하면서 촉발됐다. 그해 12월 성남시민사회단체협의회는 이 시장과 가천대에 해명을 요구했다.

논란이 되자 이 시장은 2014년 1월 3일 "표절은 아니나 불필요한 정치적 동기로 인한 불필요한 논란에 휩싸이고 싶지 않다"는 취지로 '자진 반납' 의사를 가천대에 통보했다.

이에 가천대 연구윤리위는 그해 2월 24일 "본조사를 할 실익이 없다"고 판단하고 행정대학원에 학위 취소를 통보했다.

그러나 행정대학원은 같은 해 5월 27일 "원생의 희망에 의해 학위를 취소하기 위한, 학칙상 근거가 불분명하다"며 "본조사의 (학위 취소를 위한 확고한 표절 판정) 결과를 달라"고 연구윤리위에 반송했다.

대학원측이 "통상적인 특수대학원 논문에 비춰 손색이 없다"는 견해와 함께 표절여부 조사의 절차적, 규정적 결함에 대해 이의를 제기한 것이다.

2년여 표류 끝에 올해 8월 가천대가 내린 결론은 "학칙상 기간 도과로, 실체적인 심사를 할 수 없다"는 것으로 요약된다.

연구윤리위와 행정대학원 합동회의 의결사항은 ▲ 표절 의혹에 대해 학칙상 심사할 수 없으므로 종결한다 ▲ 학위소지자가 일시 '표절은 아니지만 정치적 논란을 이유로 자진 반납한다'고 했으나 학위 취소를 할 수 있는 학칙과 법령상의 근거가 없다는 2가지이다.

아울러 "예비조사를 하고 본조사를 의뢰한 절차가 학칙(규정)을 위반해 파기한다"며 "위원회 의결로 학위논문을 본인에게 되돌려 보냄으로써 사안을 종결한다"고 명시했다. 결과적으로 논문이 유효한 상태가 됐다.

논문을 지도한 이영균(행정학과) 교수는 일부 인용과 출처를 명기하지 않았다는 주장에 대해 "이 논문의 핵심은 총체적으로 변호사이고 시민단체 리더였던 작성자의 경험과 현장자료 수집으로 작성된 것으로, 논문심사 당시의 적격판정을 뒤집을 정도는 아니다"라며 "당시의 특수대학원 석사 학위 논문의 일반적인 관행과 학문적 성취도 수준에 비춰 보더라도, 손색이 없는 논문으로 판단한다"고 말했다.

이런 내용은 대통령 탄핵 정국에서 이 시장이 야권 대선주자로 급부상한 가운데 자질 검증 차원에서 논문 표절 논란이 다시 제기된 것을 계기로 연합뉴스가 후속 취재하는 과정에서 확인됐다.

이와 관련, 이 시장은 "학술적으로 인용부호를 안 한 잘못은 인정한다"면서도 "시민운동 당시 부정부패 극복 방안 연구를 위해 야간특수대학원에서 공부를 했고 객관식 시험을 치르면 석사학위를 주는 곳인데 공부 결과를 정리하기 위해 굳이 논문을 썼다"고 설명했다.

이어 가천대 측에 대해 "하지도 않은 예비심사를 한 것처럼 회의록을 조작하고 심사 불능하다는 학칙 조항을 수정했다가 다시 원상 회복했다"면서 "학위를 취소했다거나 취소했다는 보도가 나가도록 (대학 측 일부 관계자가) 악성 언론 플레이까지 했다"고 주장했다.

실제로 가천대는 '논문검증 시효 5년' 규정을 2014년 1월 10일 삭제했다가 올해 8월 30일 부활시켰다.

가천대 측은 "연구윤리 강화를 위해 검증시효 기간 5년 조항을 삭제하라는 교육부 권고와, 이 시장 논문 건과 관련 없는 학내의 또 다른 논문검증 사안 때문이었다"며 "시점상 오비이락 격으로 이 시장 논문 건이 연결돼 오해를 사게 된 것"이라고 해명했다.