나무 식기는 세균 번식에 취약하다. 나무 소재 특성상 미세한 틈이 존재하는데, 이 틈 사이로 음식물 찌꺼기가 쉽게 낀다. 맨눈으로 봤을 때 깨끗해 보여도 음식물 찌꺼기가 남아 있을 수 있다. 2020년 홍콩대 연구팀이 발표한 논문에 따르면 나무 목재의 표면에는 미세한 구멍이나 틈이 있어 박테리아가 쉽게 침투한다. 예를 들어 나무 도마 표면을 제대로 세척하지 않으면 틈새에 음식물 찌꺼기가 쌓이게 되고, 나무 식기에 물이 묻으면 미생물 생물막이 형성된다. 이때 육류, 생선 등 날 음식을 담았을 때 교차 오염 가능성 또한 높아진다. 교차 오염은 식품과 식기 표면 사이에서 살모넬라균, 대장균 등의 오염물질이 이동하는 것을 말한다. 실제 미국 식품의약품(FDA) 자료에 따르면 캄필로박터균과 같은 식중독 원인균은 제대로 관리하지 못한 나무 도마의 틈 사이에서 최소 2시간에서 길게 며칠까지 생존한다. 캄필로박터균은 설사, 복통, 두통 등을 일으킨다.

나무 식기를 주방 세제로 세척해선 안 된다. 아무리 물로 잘 헹궈냈다 하더라도 세제가 틈 사이에 남아 있을 수 있다. 올바른 세척 방법은 미지근한 물로 세척하는 것이다. 베이킹소다 한 숟가락을 물에 풀고, 부드러운 스펀지에 묻혀 나무 식기를 살살 닦아낸다. 그다음 소량의 식초를 넣은 물로 나무 식기를 씻어 내고, 다시 깨끗한 물로 여러 번 헹궈낸다. 이때 뜨거운 물은 금물이다. 반드시 미지근한 물로 헹군다. 나무에 뜨거운 물이 닿으면 틈이 더 벌어지는데, 틈 사이로 잔류 음식물이 더 쉽게 스며들기 때문이다. 세척만큼 건조도 중요하다. 제대로 건조하지 않은 나무 식기에 곰팡이가 번식한다. 마른 천으로 나무 식기에 묻은 물을 닦아 내고, 서늘한 그늘에 말린다.