1. 도쿄도 도쿄 23구 (Tokyo, 東京)
- 인구 : 9,460,426 명

사실상 일본의 수도.
일본의 정치, 문화, 행정, 경제의 중심지.
도쿄 시라는 행정 구역은 없으며, 흔히 도쿄라고 하는 곳은 도쿄 도내의 23구를 의미한다.

2. 가나가와현 요코하마 시 (Yokohama, 横浜)
- 인구 : 3,733,807 명

가나가와현의 현청 소재지.
쿠로후네 사건으로 개항을 하게 된 일본은, 도쿄 (당시 에도) 인근의 가나가와항을 개항하기로 되어 있었으나, 가나가와항은 당시 꽤나 상당히 번창했던 곳이라 자국민과의 충돌 우려 및 정치적인 이유로 조그마한 어촌이던 요코하마를 개항지로 선정했고, 이는 요코하마의 운명을 완전히 뒤집어 놓았다.
도쿄의 외항, 관문으로 급속히 성장한 요코하마는 무역업 뿐 아니라 넓은 공업 부지를 바탕으로 한 중공업 도시의 면모도 갖추고 있다.

3. 오사카부 오사카 시 (Osaka, 大阪)
- 인구 : 2,709,167 명

교토의 외항으로, 일본 상업의 중심 도시였던 오사카는
현재도 일본 제 2의 도시권인 간사이 (혹은 게이한신)의 중심 도시 역할을 하고 있다.
인구로는 후술할 요코하마보다 적지만, 지역 총생산은 요코하마를 웃돌고 있으며 사회문화적 영향력, 지역 내 위상 등을 고려했을 때 사실상 일본 제 2의 도시는 오사카라고 볼 수 있다.

4. 아이치현 나고야 시 (Nagoya, 名古屋)
- 인구 : 2,312,995 명

아이치현의 현청 소재지.
일본의 대표적인 공업 도시로, 특히 도요타를 위시한 자동차 산업이 대표적인 나고야의 경제 기반.
또한 교토와 도쿄의 중간에 있어 주쿄 (中京, 중경)이라 불렸던 곳으로, 현재도 간토 (도쿄권)과 간사이 (오사카권)을 잇는 교통의 요지로 꼽히는 곳.

5. 홋카이도 삿포로 시 (Sapporo, 札幌)
- 인구 : 1,846,313 명

홋카이도의 도청 소재지.
원래 홋카이도의 중심 도시는 혼슈에서 가까운 항구도시인 하코다테 시였으나, 북해도의 최남단에 위치하고 있는데다 산이 많은 지형적 특성 때문에 확장이 어려워 내륙의
평야 지대에 조성한 계획 도시가 삿포로 시이다.
또한 개발 당시 하코다테에 대화재가 발생하여 도시의 1/3을 태워 먹으면서 완전히 북해도의 주도권을 삿포로 시에게 넘겨버림.
현재도 홋카이도의 경제, 행정 등의 중심지로 거의 남한의 2/3 크기만한 북해도 인구의 절반 이상이 삿포로 인근에 거주 중.

6. 후쿠오카현 후쿠오카 시 (Fukuoka, 福岡)
- 인구 : 1,562,568 명

후쿠오카현의 현청 소재지.
한국에서 제일 가까운 일본의 대도시로, 옛부터 한/중 간 교류가 많았던 지역.
일본인들이 가장 살고 싶은 도시로 종종 꼽히는 곳으로, 실제로도 일본에서 인구 증가가 가장 빠른 대도시 중 하나이다

7. 효고현 고베 시 (Kobe, 神戸)
- 인구 : 1,534,061 명

효고 현의 현청 소재지.
요코하마, 나가사키 등과 함께 에도 막부 말기 개항지였던 곳으로, 일찍이 무역과 공업이 발달한 대표 항구도시.
한때는 일본 제일의 항구도시일 뿐 아니라 홍콩과 함께 동양 최대 무역항의 지위를 누렸던 곳이었으나, 고베 대지진으로 도시가 박살이 나면서 부산은 고사하고 국내에서도 요코하마에게 그 위상을 반납.
그럼에도 여전히 오사카-교토와 함께 간사이의 주축인 산업 도시임은 분명함.

8. 가나가와현 가와사키 시 (Kawasaki, 川崎)
- 인구 : 1,500,050 명

도쿄와 요코하마 중간에 위치.
도쿄의 위성도시 역할을 함과 동시에 일본의 주요 공업 도시 중 하나로, 중화학공업이 발달한 곳.

9. 교토부 교토 시 (Kyoto, 京都)
- 인구 : 1,473,110 명

일본의 천년 고도, 정신적 수도.
현재도 일본 유수의 관광지로 봄, 가을철엔 전국의 인파가 몰려드는 곳.
서비스업 뿐 아니라 닌텐도, 쿄세라, 무라타 제작소 등 소위 교토 5룡이라는 대기업이 존재하는, 제조업이 강세를 보이는 도시