'미래의 미라이'는 4살 남자아이 '쿤'의 가족 이야기다. 부모 사랑을 독차지하던 '쿤'은 어느 날 '미라이'라는 여동생을 갖게 된다.

신비로운 순간은 잠시일 뿐, 부모님 관심은 온통 '미라이'에게 향하고 '쿤'은 태어나서 처음으로 설움을 느끼게 된다.

그러던 어느 날 '쿤'에게 미래에서 온 소녀 '미라이'가 찾아온다.

주인공 '쿤'의 모델은 감독의 첫째 아이고, '미라이'의 모델은 둘째 아이다. 뿐만 아니라 등장인물 모두가 호소다 마모루 감독의 가족이 모델이다. 즉, 이 작품은 감독의 자전적 이야기인 셈이다.